Pues acabo de hacer la prueba con QGIS con la capa en Etrs89 y en efecto, se ubica perfectamente también.
He probado nuevamente con ArcGis y sigo con los problemas. Algo estaré haciendo mal y no doy con ello..
Pero en definitiva ya se que debo hacerlo con QGIS.
Un saludo y gracias por la ayuda.